Ketika Kolonel William Stryker yang anti-mutan menculik Profesor X dan menyerang sekolahnya, X-Men harus bersekutu dengan musuh bebuyutan mereka Magneto untuk menghentikannya.Beberapa bulan telah berlalu sejak X-Men mengalahkan Magneto dan memenjarakannya di ruang plastik yang tampaknya tak tertembus.
Suatu hari, seorang mutan bernama Nightcrawler menginfiltrasi Gedung Putih dan berupaya membunuh Presiden, memicu reaksi berantai dari tindakan anti-mutan oleh pemerintah.
Sementara itu, Logan berusaha menemukan masa lalunya. Ketika ilmuwan bernama William Stryker menemukan sekolah rahasia Profesor X dan Cerebro, mitra Magneto, Mystique, berencana untuk mengeluarkan pemimpinnya dari penjara.
Tetapi ketika sekolah Profesor X diserang oleh pasukan Stryker, Logan, Rogue, Iceman, dan beberapa beruntung untuk melarikan diri.
Mereka yang tetap bertemu di Boston, di mana mereka membentuk aliansi yang tidak mudah dengan Magneto untuk menghentikan Stryker dan menyelamatkan Profesor X. Ditulis oleh John Wiggins
When anti-mutant Colonel William Stryker kidnaps Professor X and attacks his school, the X-Men must ally with their archenemy Magneto to stop him.
Several months have passed since the X-Men defeated Magneto and imprisoned him in a seemingly impregnable plastic chamber.
One day, a mutant by the name of Nightcrawler infiltrates the White House and attempts to assassinate the President, setting off a chain reaction of anti-mutant measures by the government.
Meanwhile, Logan is trying to discover his past. As scientist named William Stryker discovers Professor X's secret school and Cerebro, Magneto's partner, Mystique, is planning to break her leader out of prison.
But when Professor X's school is attacked by Stryker's forces, Logan, Rogue, Iceman, and a few are lucky to escape.
Those who remain meet in Boston, where they form an uneasy alliance with Magneto to stop Stryker and rescue Professor X. Written by John Wiggins